Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато и его дигимон-партнёр Гилмон отправляются на курорт в Окинаве. Прибыв на место, они обнаруживают, что по компьютерам Японии распространяется вирус. Такато начинает подозревать связь этого явления с дигимонами. Вскоре появляется Минами, ещё один укротитель дигимонов, что добавляет ситуации неопределённости. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону, что заставляет Такато искать причины такого поведения.

Такато пытается выяснить природу вируса и его связь с миром дигимонов. В процессе он сталкивается с различными испытаниями и опасностями. Постепенно раскрывается сеть событий, связывающих Такато, Гилмона и других дигимонов. Путешествие превращается в поиск ответов, в ходе которого Такато узнаёт больше о своих способностях и устройстве мира дигимонов. Появление новых знакомых и противников сопровождается исследованием прошлого и настоящего, что помогает ему определить своё место в этой системе.