Бесшумный флот

После поражения Мьюри Ундзэн от Медаки Куроками и студенческого совета в Академии Хаконива наступило временное затишье. Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новой угрозой. В академии происходят странные события, связанные с директором школы, который скрывает свои намерения и разрабатывает «План Флакона». Этот план предполагает установление контроля и манипуляции, что приводит к разрушительным последствиям для окружающих.

Основную опасность представляет группа новых студентов под названием «Партия тринадцати». Эти обладающие сверхспособностями молодые люди возглавляются Удо Мияконодзе, который отличается харизмой и самоуверенностью. Их цель - захват власти и разрушение установленного порядка. Действия группы создают проблемы для студенческого совета. Ситуация осложняется возвращением старого врага, который ранее был побежден, но теперь намерен завершить начатое.